科学与宗教的冲突发生在它们重叠的部分。智能设计的概念就处于重叠的部分。圣经在从观察自然得出推论的意义上肯定了科学，圣经指出：“自从造天地以来，神的永能和神性是明明可知的，虽是眼不能见，但借着所造之物，就可以晓得，叫人无可推诿。”【罗马书 1:20】
让事情更复杂的是还有其它学科，比如哲学和历史也与科学和宗教重叠。
科学主要是描述性的。科学试图得出一套原理来描述正常情况下会发生什么，然后用那些原理来推断曾经发生了什么或将要发生什么。在这样做时，科学就与哲学在科学哲学重叠，比如在正常情况下发生的是基于一些基本原则，以及那些原则在一些条件限制内可以应用在过去、现在和将来。科学还与历史重叠，事实上“在正常情况下发生”是基于历史记载。的确甚至在实验完成后，第二天实验就已经是历史。科学和历史还在几个方面重叠，比如法医学、人类学、考古学。但科学只能推断曾经发生了什么，而历史是关于实际上发生了什么。科学必须服从历史。因为历史含有科学赖以为据的事实。
宗教也与历史重叠。因为圣经很大一部分是历史记录。若因为圣经含有宗教内容就抛弃圣经里的历史记录在逻辑上是错误的。但盲目地接受其内容也同样。作为历史文献，圣经需要像其它任何历史记载一样受到检验。大多数客观，无偏见这样做了的人结果都成了基督徒。因为尽管神的干预和神迹的描述似乎与科学相冲突，很多人却发现圣经作为历史记载令人信服。记住占统治地位的不是科学，而是历史。（因为到头来，历史是神的故事。）科学只是关于在正常情况下发生什么，但在每个具体情况下并不一定是真正发生的。虽然科学不假定神迹，但科学并不能排除神迹。
但科学与宗教的冲突不只限于神迹，因为科学与宗教甚至还在关于发生在正常情况下的事上重叠。因为神的干预并不总是被说成是“神迹”。考虑“签放在怀里，定事由耶和华。”【箴言 16:33】如果你掷一枚硬币，决定其最终结果的是耶和华。但那个事实即不能被证实，也不能被证否。是的，你可以掷很多次，得到一个描述在正常情况下会发生什么的概率曲线。但你不能决定每次投掷的结果。科学可以说结果可能是什么，但耶和华说结果是什么。这两者间没有冲突。如果某件事发生的可能性不大。科学只能说在科学原理可被应用的条件下，它不太可能发生，但不是不可能发生。
关于进化论，就是事物会随着时间而改变，虽然进化论与对圣经里历史记录的某些解释冲突，但并不与圣经里历史记录的所有解释冲突。进化论也不与宗教和科学的直接重叠冲突。有些人说：“神不会那样做。”但他们是谁，说神该怎么做呢？不但有些辩护他们对圣经的解释的人说这种话，那些声称完美的神不会用这种不完美的方式设计东西，让他们能够朽坏等等的无神论者也这么说。但我要说，你们是谁，在这里说神这么做的目的。事实上，对他们异议的答案就在圣经里，这也解释了神更大的目的。经上说：“耶和华对他说：‘谁造人的口呢？谁使人口哑，耳聋，目明，眼瞎呢？岂不是我耶和华吗？’”【出埃及记 4:11】怀疑的人在哲学的范畴里没有能够考虑所有的可能性。自然是被设计的这个事实是一个科学推论，这比比如智慧生物是用语言形式进行无线电传输交流的来源更是如此。自然是被设计的是一个科学推论就如陪审团根据法医证据做出结论一样。所以如果在课堂上教课学时不但教在正常情况下会发生什么，还教应用那些原理推断出的东西，那么其中的一个推论难道不应该是我们是设计的这个事实吗？那难道不应该作为科学课程的一部分吗？