科學與宗教的衝突發生在它們重疊的部分。智能設計的概念就處于重疊的部分。聖經在從觀察自然得出推論的意義上肯定了科學，聖經指出：“自從造天地以來，神的永能和神性是明明可知的，雖是眼不能見，但借著所造之物，就可以曉得，叫人無可推諉。”【羅馬書 1:20】
讓事情更復雜的是還有其它學科，比如哲學和歷史也與科學和宗教重疊。
科學主要是描述性的。科學試圖得出一套原理來描述正常情況下會發生什麼，然後用那些原理來推斷曾經發生了什麼或將要發生什麼。在這樣做時，科學就與哲學在科學哲學重疊，比如在正常情況下發生的是基于一些基本原則，以及那些原則在一些條件限制內可以應用在過去、現在和將來。科學還與歷史重疊，事實上“在正常情況下發生”是基于歷史記載。的確甚至在實驗完成後，第二天實驗就已經是歷史。科學和歷史還在幾個方面重疊，比如法醫學、人類學、考古學。但科學只能推斷曾經發生了什麼，而歷史是關于實際上發生了什麼。科學必須服從歷史。因為歷史含有科學賴以為據的事實。
宗教也與歷史重疊。因為聖經很大一部分是歷史記錄。若因為聖經含有宗教內容就拋棄聖經裏的歷史記錄在邏輯上是錯誤的。但盲目地接受其內容也同樣。作為歷史文獻，聖經需要像其它任何歷史記載一樣受到檢驗。大多數客觀，無偏見這樣做了的人結果都成了基督徒。因為盡管神的幹預和神蹟的描述似乎與科學相衝突，很多人卻發現聖經作為歷史記載令人信服。記住占統治地位的不是科學，而是歷史。（因為到頭來，歷史是神的故事。）科學只是關于在正常情況下發生什麼，但在每個具體情況下并不一定是真正發生的。雖然科學不假定神蹟，但科學并不能排除神蹟。
但科學與宗教的衝突不只限于神蹟，因為科學與宗教甚至還在關于發生在正常情況下的事上重疊。因為神的幹預并不總是被說成是“神蹟”。考慮“簽放在懷裏，定事由耶和華。”【箴言 16:33】如果你擲一枚硬幣，決定其最終結果的是耶和華。但那個事實即不能被証實，也不能被証否。是的，你可以擲很多次，得到一個描述在正常情況下會發生什麼的概率曲線。但你不能決定每次投擲的結果。科學可以說結果可能是什麼，但耶和華說結果是什麼。這兩者間沒有衝突。如果某件事發生的可能性不大。科學只能說在科學原理可被應用的條件下，它不太可能發生，但不是不可能發生。
關于進化論，就是事物會隨著時間而改變，雖然進化論與對聖經裏歷史記錄的某些解釋衝突，但并不與聖經裏歷史記錄的所有解釋衝突。進化論也不與宗教和科學的直接重疊衝突。有些人說：“神不會那樣做。”但他們是誰，說神該怎麼做呢？不但有些辯護他們對聖經的解釋的人說這種話，那些聲稱完美的神不會用這種不完美的方式設計東西，讓他們能夠朽壞等等的無神論者也這麼說。但我要說，你們是誰，在這裏說神這麼做的目的。事實上，對他們異議的答案就在聖經裏，這也解釋了神更大的目的。經上說：“耶和華對他說：‘誰造人的口呢？誰使人口啞，耳聾，目明，眼瞎呢？豈不是我耶和華嗎？’”【出埃及記 4:11】懷疑的人在哲學的范疇裏沒有能夠考慮所有的可能性。自然是被設計的這個事實是一個科學推論，這比比如智慧生物是用語言形式進行無線電傳輸交流的來源更是如此。自然是被設計的是一個科學推論就如陪審團根據法醫証據做出結論一樣。所以如果在課堂上教課學時不但教在正常情況下會發生什麼，還教應用那些原理推斷出的東西，那麼其中的一個推論難道不應該是我們是設計的這個事實嗎？那難道不應該作為科學課程的一部分嗎？